Các nhà nghiên cứu cho rằng đất Thần Kinh là do hai từ “kinh đô” và “thần bí” ghép lại. Còn vì sao gọi Huế là “Kinh đô Thần bí” thì có nhiều cách giải thích, trong đó cách giải thích do hai sự kiện lịch sử dưới đây được cho là khả tín nhất.
Sự kiện thứ nhất xảy ra vào năm 1558. Sau khi anh ruột của mình bị anh rể là Trịnh Kiểm sát hại, Nguyễn Hoàng bèn đến gặp Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm để hỏi xin cách đối phó.
Trạng lúc đó đang đứng bên hòn giả sơn, không trả lời thẳng câu hỏi mà chỉ lẩm nhẩm một câu: “Hoành Sơn nhất đái, vạn đại dung thân” (Một dãy Hoành Sơn kia, có thể dung thân được muôn đời). Hiểu ý, Nguyễn Hoàng xin Trịnh Kiểm cho mình vào Nam, băng qua Hoành Sơn (phía nam tỉnh Hà Tĩnh, phía bắc tỉnh Quảng Bình) vào làm trấn thủ đất Thuận Hóa để xa lánh hiểm họa, từ đó làm nên nghiệp lớn của chúa Nguyễn ở Đàng Trong và Nhà Nguyễn sau này.
Sự kiện thứ hai, huyền hoặc hơn. Sau khi vào Thuận Hóa một thời gian, Nguyễn Hoàng tìm đất xây dựng kinh đô. Một đêm nọ, ông mơ thấy một bà lão mặc sắc phục đỏ, tự xưng là Thái Thượng Lão Quân, bảo ông đi về hướng đông khoảng ba dặm để lập kinh đô. Ông thấy mình cùng đoàn tùy tùng nghỉ chân ở một địa điểm trên bờ Sông Hương, cách Huế khoảng 5 cây số về phía tây.
Sáng hôm sau, ông đi về hướng đông như bà lão trong mộng đã bảo. Sau mấy dặm đường, chúa Nguyễn gặp một cảnh trí sơn thủy hữu tình như thiên nhiên đã bày sẵn để dành cho ông. Ngoài cái đẹp của cảnh quan, nơi đây còn có địa thế phong thủy tốt tươi, xứng tầm một xứ “địa linh nhơn kiệt” để vị chúa đầu tiên của các chúa Nguyễn chọn làm nơi đặt bản doanh và sau này là kinh đô của cả nước.
Lời tiên tri của Trạng Trình, lời báo mộng của Thái Thượng Lão Quân quả đã báo trước sự nghiệp lâu dài 400 năm của Nhà Nguyễn và cũng chừng đó năm của cố đô Huế.
Tương truyền, trước đó có một bà lão mặc áo đỏ quần lục xuất hiện trên một ngọn đồi bên bờ sông Hương vào ban đêm và nói với mọi người: “Rồi đây sẽ có một vị chân chúa đến lập chùa để tụ linh khí, làm bền long mạch, cho nước Nam hùng mạnh”.
Vì thế, vào năm 1601, Nguyễn Hoàng đã cho dựng một ngôi chùa trên đồi, ngoảnh mặt ra sông Hương, đặt tên là chùa “Thiên Mụ”. Năm 1862, khi cầu tự, vua Tự Đức đã đổi thành chùa Linh Mụ vì sợ chữ Thiên phạm húy với Trời.
Với hai sự kiện thần bí kể trên, kinh đô Huế đã được gọi là đất Thần Kinh. Vua Thiệu Trị, cháu của Nguyễn Hoàng đã có một chùm 20 bài thơ gọi là Thần kinh nhị thập cảnh để tả những cảnh đẹp của kinh thành Huế.
Nói thêm, cũng có chuyện kể rằng, Nguyễn Hoàng chiêm bao thấy một bà tiên, bảo từ gò đất hãy thắp cây hương rồi chèo thuyền đến khi nào hết cây hương thì dừng lại, chọn nơi ấy làm phủ Chúa. Chúa làm theo, khi hết cây hương thì thấy hiện ra một vùng đất (sau gọi là Phú Xuân) phía trước có núi án ngữ (sau gọi là núi Ngự Bình), bèn chọn làm nơi xây phủ Chúa, về sau là kinh đô của cả nước. Chúa cho xây chùa Linh Mụ trên gò đất để tạ ân bà tiên, và dòng sông đó được gọi là sông Hương.
